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siRNA——你不知道的那些小奥秘

发布时间:2022-11-24

阅读:138

小刀最近在准备11.3下午的讲座(名称:siRNA实验操作小技巧),这不整理不知道,一整理吓一跳。那句话怎么说来着?越是看习惯了的东西,便越是习焉不察,美丑都难看出。


你别看siRNA的身材小,其中蕴含的奥秘可一点也不少。那么,我们就一起走进siRNA,深度探讨19bp微观世界里的那些事儿。


我们知道脱靶效应自2003年发表以来,一直是限制siRNA特异性的关键因素,影响其在功能基因组学和疾病治疗领域的应用。因此,如何使siRNA在保持特异性的同时减少脱靶效应,是各大厂商共同努力的目标。Dharmacon siRNA创新性的叠加3种技术——SMARTselection™技术、SMARTpool®技术、ON-TARGETplus™双链修饰技术,全方面提升siRNA的表现性能,同时保证防脱靶效率>90%。


SMARTselection™特殊设计算法
1. 种子域频率分析:调整反义链种子域序列排布,生成低频种子域siRNA,从而减少miRNA-like脱靶效应



图1 siRNA序列在第1位、第8-19位碱基保持一致,仅改变第2-7位种子域序列


2. SMARTselection™筛选器:针对一个基因设计多对不同的siRNA,将验证得到的效果很优的4对siRNA投放到产品中,确保siRNA的功能性和特异性



图2 同一基因的4对siRNA靶向不同作用位点


创新性SMARTpool® 技术
1. 将4对siRNA等比例mix形成pool,有效降低单对siRNA引起的脱靶效应

2. 确保高水平的靶向基因沉默效率:保证每个基因提供的4对siRNA中至少有3对有≥75%的靶基因沉默效率



图3 SMARTpool能有效减少单对siRNA引起的脱靶效因,同时保持高水平的靶向基因沉默


ON-TARGETplus™双链修饰技术
1. 全方面减少脱靶效应:
1) 正义链第1、2碱基处进行化学修饰,有效防止正义链进入RISC,降低正义链引起的脱靶效应
2) 反义链第2碱基处进行化学修饰,提高反义链判别能力,大程度减少反义链脱靶



图4 脱靶效应主要由反义链种子域活动引起,单独修饰正义链无法减少脱靶效应,双链修饰可大程度减少脱靶效应


2. 保证很优的靶向基因沉默效率:有效抑制miRNA-like作用,大幅提高siRNA的靶向敲低作用



图5 双链修饰抑制正义链活动,提高反义链判别能力


3. 抑制假阳性显型出现:有些siRNA会在短期实验中引起细胞生长抑制,从而影响靶向基因沉默效率,ON-TARGETplus™修饰能够有效减少生长抑制,同时保证靶向基因沉默效果



图6 在乳腺癌细胞系中研究沉默ARPC1B基因对细胞迁移的影响:均一地刮取单层细胞,评估细胞迁移愈合刮口的速度,未修饰的siRNA假阳性显型明显,而ON-TARGETplus™修饰能够有效抑制该现象


综上,Dharmacon siRNA可提供人、小鼠、大鼠全基因组范围内的预制siRNA,搭配SMARTselection™、SMARTpool®、ON-TARGETplus™三大技术,为大家带来更好的siRNA用户体验。


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D-001810-10ON-TARGETplus Non-targeting Pool5nmol
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